바로크 시대에는 2대의 선율악기와 챔발로의 트리오 형태의 소나타가 유행하였는데, 바흐는 이것을 발전시켜 하나의 선율악기와 챔발로를 위한 소나타의 곡들을 작곡하였다. 바이올린과 챔발로를 위한 소나타와 플루트 소나타가 그 예인데, 바이올린 소나타가 '느리게-빠르게-느리게-빠르게'의 4악장 구성에 '소나타 다 키에자'의 형식을 따르는 것에 비하여, 플루트 소나타는 3악장의 협주곡 구성을 따르고 있다.

제1악장 Andante. b minor. 4/4박자
제1주제에 입각한 주 악절이 4번 나타나고, 그 사이에 3개의 부악절이 놓이는 협주곡 풍의 악장이며, c단조의 오르간 소나타 BWV 526의 구성과 많은 면에서 일치하는 모습을 보이고 있다. 악장의 제1주제는 작곡가의 6촌형인 요한 베른하르트 바흐의 g단조 관현악 모음곡의 푸가주제를 거의 그대로 차용한 것으로 보인다.


제2악장 Largo e dolce, D major, 6/8박자, 2부 형식
챔발로의 화성적 반주에 플루트가 주제를 제시한다. 후반부에 주제는 2도 상승하여 e단조로 연주하며, 장조와 단조 모두 선율적으로 풍부한 악장이다.


제3악장 Presto, b minor, 2/2박자 - Allegro, b minor, 12/16박자
전반의 프레스토는 3성 푸가 형식으로 되어 있고, 후반의 알레그로는 지그로 구성되어 있다..

소나타 E^b장조, BWV 1031은 일반적으로 <플루트와 하프시코드를 위한 소나타> 제2번으로 연주되고 있으나 최근의 연구로는 바하의 진짜 작품이 아니라는 설(說)이 제기되기도 했다. 때문에 <신 바흐 전집>에는 게재되어 있지 않다. 그렇지만 이 곡이 진정 바흐의 것이 아니라 해도 이는 유려한 서법과 가슴에 와닿는 깊은 표현력으로 플루트 레퍼토리의 주요 곡으로서 계속 연주될 것이며 또한 트리오 서법에서 참다운 2중주로 이행하는 과정을 담은 중요한 역사적 의미를 지니고 있다.

제1악장 Allegro moderato
협주곡의 투티에 해당하는 긴 도입부가 하프시코드로 연주되고 그 끝에 카덴차 풍의 패시지가 용해되면서 플루트의 주제선율이 등장한다.


제2악장 Siciliano
단일주제에 의한 3부형식의 악장으로 매우 아름답다. 주제선율은 항상 플루트에 놓인다.
이 아름다운 피아노 음악 "시실리아노 g단조(Siciliano g minor)"는 원래 BWV1030 ~1032 까지의 'Three Sonatas for Flute and Harpsichord (플룻과 하프시코드를 위한 3개의 소나타)' 중 두 번째 곡인 1031번 "Sonata in Eb Major (플룻 소나타 No.2 E^b장조)"로, 1730년에 작곡된 곡이다. 모두 3악장으로 이루어진 이 음악의 두 번째 악장이 바로 "시칠리아노 g단조(Siciliano g minor)"이다.


제3악장 Allegro
전후반이 반복되는 2부형식이다. 으뜸조의 제1주제가 두 악기에 교대로 나타난다.

바흐의 플루트 소나타 A장조 BWV 1032는 첫 악장 후반이 소실된 채 전해지는데 당시 바흐의 곡 구성이 비발디의3악장 협주곡과 같이 빠르게 - 느리게 - 빠르게의 3악장으로 이루어진 것이 주목할 만하다. 1악장은 하프시코드에 의한 개신선율이 호모포니적인 성격을 보여주고 2악장은 플룻과 하프시코드의 감미로운 병행 6도로 시작하며 3악장은 발랄한 악장으로 호모포니적인 성격을 띠고 있다.

1악장은 하프시코드에 의한 개신선율이 호모포니적인 성격을 보여주고, 2악장은 플룻과 하프시코드의 감미로운 병행 6도로 시작하며, 3악장은 발랄한 악장으로 호모포니적인 성격을 띠고 있다.